田黄石通常有不同厚度的黄色、白色、黑色的裹皮和分别以这三种颜色重叠的双重皮、三重皮。从科学的角度看田黄石的皮层是田黄石周围地下水中所含的高岭石族矿物（迪开石、珍珠陶石）分子，在田黄石表面经过长时间沉积的结晶集合体。
皮的产生和田黄石所处的周围环境有着直接关系：埋藏在富含氧化铁离子沙土层中的田黄石外皮多呈黄色；埋藏在不含铁离子的白沙层中的田黄石则多呈白色外皮，这种白色外皮裹着黄色肌质的田黄石被称作“银包金”田黄石。还有一种黄色内心，而外表层肌质和外表皮都是白色的田黄石，也称为“银包金”田黄石。其前一种是由黄色田黄石迁移到白沙层中后，由环境地下水中的迪开石份子沉积而形成的，因为白沙层中几乎不含氧化铁离子所以形成了白色皮。后一种是由于田黄石周围环境中含氧化铁离子的地下水位下降，从而断绝了提供浸润田黄石的色素的原因造成的。黑色裹皮（乌鸦皮）是黑色的有机物腐殖酸浸透形成的。这种黑皮田黄石往往是先被氧化铁离子浸入而形成黄色皮层，此后，或因为石头被搬迁或由于周围环境被有机腐殖酸侵入，改变了周围的存在环境，黑色的有机腐殖酸浸入石皮，使氧化铁皮层染色，形成了黑色的乌鸦皮田黄石。有时黑皮和下面的黄皮在浸透时还会形成薄薄的一层浅淡的绿色层，较稀有。还有一种称为“金包银”的田黄石，是一种肌质非常致密的白田石被含有氧化铁离子的地下水浸润，染成为一层薄薄的黄色皮层，极其美丽也极其罕见。
含两层皮或三层皮的田黄石，其皮层的形成过程也是由周围环境条件的逐次改变造成的。
